职称：副研究员（校聘）/硕士生导师

学历：博士研究生

电子邮件：hongxk@fzu.edu.cn

研究方向：生物信息学、深度学习、人工智能

研究生招生专业：生物工程（学硕）、生物技术与工程（专硕）

教育工作经历：

2023年8月-至今：永利官网 | 88858cc永利集团

2018年9月-2023年6月：上海交通大学 | 系统生物医学研究院 | 生物学 | 博士

2015年8月-2018年6月：中山大学 | 生命科学学院 | 动物学 | 硕士

2011年9月-2015年6月：永利官网 | 88858cc永利集团 | 生物工程 | 本科

上海交通大学，生命科学技术学院，访问学者

教学简介：

无

科研简介：

主要研究领域为蛋白质翻译后修饰的系统生物学研究，包括：

1. 蛋白质翻译后修饰数据库。

收集和整理蛋白质翻译后修饰的实验数据，提供系统化的信息平台，支持研究者查询和分析修饰位点、类型及其功能关联。  

2. 蛋白质翻译后修饰调控蛋白功能的计算解析。

利用计算方法和数学建模，分析修饰如何调控蛋白质的活性、稳定性、相互作用和信号传导，从系统层面揭示修饰的生物学功能。  

3. 蛋白质翻译后修饰的人工智能预测方法。

通过机器学习和深度学习等AI技术，预测未知的修饰位点、修饰类型及其功能效应，为修饰研究提供高效的工具和新的研究方向。

目前已在Green Chemistry、Bioinformatics、J Chem Inf Model、Int J Biol Macromol和J Chem Theory Comput等国际知名期刊发表SCI论文16篇（中科院1区5篇，中科院2区5篇）；授权2项发明专利和5项计算机软件著作权。

科研项目：

福建省人社厅高层次人才和青年优秀人才培养资助项目

永利官网新进教师科研启动基金

永利官网贵重仪器设备开放测试基金

参与国自然面上项目2项

社会兼职：

福州海关特殊物品风险评估专家

福建省生物信息学会会员

上海市生物信息学会会员

Briefings in Bioinformatics期刊评审专家

代表性论文：

1. Hong X, Li N, Lv J, Zhang Y, Li J*, Zhang J*, Chen HF*. PTMint database of experimentally verified PTM regulation on protein-protein interaction. Bioinformatics. 2023 Jan 1;39(1):btac823

2. Hong X, Song K, Rahman MU, Wei T, Zhang Y, Da LT*, Chen HF*. Phosphorylation Regulation Mechanism of β2 Integrin for the Binding of Filamin Revealed by Markov State Model. J Chem Inf Model. 2023 Jan 23;63(2):605-618

3. Hong X, Lv J, Li Z, Xiong Y, Zhang J*, Chen HF*. Sequence-based machine learning method for predicting the effects of phosphorylation on protein-protein interactions. Int J Biol Macromol. 2023 Jul 15;243:125233

4. Hong X#, Guo T#, Xu X*, Lin J*. Multiplex metabolic pathway engineering of Monascus pilosus enhances lovastatin production. Appl Microbiol Biotechnol. 2023 Nov;107(21):6541-6552

5. Hong X#, Liu X#, Su B*, Lin J*. Improved Antimicrobial Activity of Bovine Lactoferrin Peptide (LFcinB) Based on Rational Design. Protein J. 2023 Dec;42(6):633-644

6. Hong XK#, Zhang X#, Fusco OA, Lan YG, Lun ZR*, Lai DH*. PCR-based identification of Trypanosoma lewisi and Trypanosoma musculi using maxicircle kinetoplast DNA. Acta Trop. 2017 Jul;171:207-212

授权专利情况：

1. 一种检测路氏锥虫的引物对和试剂盒

2. 一种检测小鼠锥虫的引物对和试剂盒

授权软件著作权情况：

1. 翻译后修饰调控蛋白互作的数据查询系统【简称：PTMint】

2. 磷酸化修饰调控蛋白互作的人工智能预测系统【简称：PhosPPI】

3. 翻译后修饰调控相分离的数据查询系统【简称：PTMPhaSe】

4. 磷酸化修饰调控相分离的深度学习预测系统【简称：PhosLLPS】

5. 变构蛋白构象的增强采样系统【简称：IDPFold】

获奖情况：

1. 上海交通大学优秀毕业生

2. 硕士研究生国家奖学金

3. 永利官网本科生优秀毕业设计（论文）